El arquitecto francés Aymar Verdier escribió, en 1857, que “España tiene en las ruinas del Palacio de Alcalá las más bellas obras del Renacimiento”, el Palacio aludido es el de los arzobispos de Toledo en Alcalá de Henares, construido en la primera mitad del siglo XIII por el arzobispo Rodrigo Jiménez de Rada y reformado y ampliado por los sucesivos prelados.

Durante la Edad Media el Palacio fue residencia frecuente de los arzobispos toledanos. En él celebraron sínodos y concilios y recibieron numerosas visitas de los reyes de Castilla. La presencia de los monarcas determinó que en el Palacio se produjeran acontecimientos de trascendencia histórica como el tratado de 1308 entre Aragón y Castilla para la conquista conjunta de Granada, la reunión de 1348 de las Cortes castellanas o la primera entrevista entre Colón y los Reyes Católicos en 1486.

Entre 1523 y 1545 el Palacio experimentó una transformación radical, impulsada por los arzobispos Fonseca y Tavera y dirigida por Alonso de Covarrubias, que convirtió el antiguo alcázar medieval en uno de los mejores palacios renacentistas de Europa. El edificio quedó configurado en torno a cuatro patios porticados y rodeado de un amplio recinto amurallado.

El establecimiento en 1561 de la capital en Madrid hizo que los arzobispos de Toledo residiesen casi continuamente en la corte para influir sobre los reyes, y dejaran de frecuentar Alcalá. El Palacio entró así en un periodo de lenta decadencia, que se convirtió en franca ruina a raíz de la ocupación napoleónica y de las desamortizaciones de 1841 y de 1855. En 1857 el arquitecto arzobispal Francisco Ferrer advertía de que el edificio estaba en riesgo inminente de hundirse.

Afortunadamente, el gobierno de España decidió establecer en el Palacio de Alcalá el nuevo Archivo General Central crea- do en julio de 1858, atendiendo a la oferta de cesión hecha por el arzobispo de Toledo fray Cirilo Alameda. Desde 1860 y por espacio de cincuenta años, el Ministerio de Fomento realizó importantísimas obras de reparación y restauración que –a pesar de algunos desaciertos– salvaron el Palacio. La transformación en Archivo fue también un signo visible de la desaparición del Antiguo Régimen en Alcalá: la sede del poder político de la Iglesia se transformó en una institución del Estado Liberal.

A lo largo de ochenta años de existencia el Archivo General Central conservó la documentación producida por la Administración durante los siglos XVIII y XIX. En 1926 custodiaba 139.974 legajos distribuidos en 76 salas repletas.

El Palacio superó sin graves daños la Guerra Civil, pero el 11 de agosto de 1939 se incendiaron unos talleres de reparación de armamento y vehículos instalados en el pabellón noroeste por el ejército republicano y mantenidos por el ejército vencedor. El fuego se propagó por todo el recinto, y, en poco más de 12 horas, las llamas devastaron el edificio y destruyeron la valiosísima documentación que contenía.